রাজনৈতিক অঙ্গনে এখন অন্যতম আলোচিত বিষয় জুনায়েদ বাবুনগরী। জুনায়েদ বাবুনগরীর মামুনুল হকের মত লাম্পট্য ইতিহাস নেই, তার অন্য কোন সমস্যাও নেই। কিন্তু জুনায়েদ বাবুনগরীর একটি রাজনৈতিক দুরভিসন্ধি রয়েছে। যে রাজনীতির দুরভিসন্ধি বাস্তবায়নের জন্যই হেফাজতের নেতৃত্ব গ্রহণ করেছিলেন এবং হেফাজতকে একটি রাজনৈতিক সংগঠন হিসেবে রূপান্তর করার চেষ্টা করেছিলেন। রাজনৈতিক অঙ্গনে বাবুনগরীর ভূমিকা এবং বাবুনগরীর নেতৃত্ব নিয়ে প্রশ্ন রয়েছে। জুনায়েদ বাবুনগরীর একাধিক ঘনিষ্ঠরা বলছেন যে, জুনায়েদ বাবুনগরী একক নেতা হিসেবে অযোগ্য এবং একক নেতা হিসেবে তিনি কখনও নেতৃত্ব দেওয়ার সক্ষমতা অর্জন করতে পারেননি। মূলত আল্লামা শফীর ছায়াতলে থেকেই তিনি হেফাজতের মাধ্যমে আলোচনায় এসেছিলেন। সবসময় তিনি একজন সহযোগী নেতা হিসেবেই পরিচিত এবং নিজেকে প্রমাণের চেষ্টা করেন। আর এ কারণেই প্রশ্ন উঠেছে যে আল্লামা শফীর কাছ থেকে তিনি কার নেতৃত্বে বরণ করেছিলেন এবং তার ইশারায় তিনি চলছেন।

বিভিন্ন মহল মনে করেন যে, জুনায়েদ বাবুনগরীর একসময় গুরু ছিলেন আল্লামা শফী। কিন্তু আস্তে আস্তে আল্লামা শফীর সঙ্গে বাবুনগরীর দূরত্ব তৈরি হয়। বাবুনগরীর ঘনিষ্ঠরা বলছেন যে, বাবুনগরী মনে করতেন আল্লামা শফী সরকারের কাছ থেকে অনেক মোটা অংকের সুবিধা নিয়েছেন। যে সমস্ত সুবিধার কিঞ্চিৎও জুনায়েদ বাবুনগরীকে দেননি। আর জুনায়েদ বাবুনগরীরাই সংগঠন গড়ে তুলেছেন এবং সেখানে আল্লামা শফীর অবদানের চেয়ে বাবুনগরীদের অবদান বেশি। এখান থেকেই আল্লামা শফীর সঙ্গে জুনায়েদ বাবুনগরীর বিরোধের সূত্রপাত হয়।

বিভিন্ন মহল মনে করেন যে, জুনায়েদ বাবুনগরীর সঙ্গে আল্লামা শফীর দূরত্বের মূল ভূমিকায় তৃতীয় কোনো পক্ষ কাজ করেছে। বিশেষ করে ২০১৩ সালে যখন হেফাজতের উত্থান ঘটলো তখন হেফাজতকে কাছে পেতে বিএনপি-জামায়াতসহ বিভিন্ন মহলই চেষ্টা করে। কিন্তু এই সময় বেগম খালেদা জিয়ার সঙ্গে যারা দেখা করেছিলেন তাদের মধ্যে জুনায়েদ বাবুনগরীও ছিলেন বলে জানা যায়। জুনায়েদ বাবুনগরীর সম্পর্কে জানেন এমন একাধিক ব্যক্তি বলেছেন, জুনায়েদ বাবুনগরী জামায়াত ঘেঁষা রাজনীতিবিদ। যেহেতু ১৯৭৩ সালে মুক্তিযুদ্ধের পরে তিনি পাকিস্তানে গিয়েছিলেন, সেখানকার মাদ্রাসায় লেখাপড়া করেছেন সেজন্য তার মধ্যে পাকিস্তান প্রীতি রয়েছে। তাঁর ঘনিষ্ঠরা বলছেন যে, বাবুনগরী আর যার লোক হোক আওয়ামী লীগের লোক নন এবং আওয়ামী লীগের সঙ্গে তার কোন ঘনিষ্ঠতাও নেই। বরং তিনি চিরকালই আওয়ামী বিরোধী ব্যক্তি হিসেবে পরিচিত। অন্যদিকে জামাতের ব্যাপারে জুনায়েদ বাবুনগরীর কিছু নেতিবাচক ধারণা রয়েছে বলে জানা গেছে। বিশেষ করে কওমি মাদ্রাসা কেন্দ্রিক যারা ইসলাম চর্চা করেন তাদের সঙ্গে জামাতের একটা প্রকাশ্য বিরোধ এবং দূরত্ব লক্ষ্য করা যায়। যদিও জামাত ইদানীং তার সেই বৈরিতাকে পাশ কাটিয়ে একটি সুসম্পর্ক তৈরি করতে চাইছে কিন্তু তারপরও তাদের জামাতের সঙ্গে এক ধরনের দূরত্ব আছে জুনায়েদ বাবুনগরীর।

বিভিন্ন মহল মনে করেন যে, সম্প্রতি গত কয়েক বছর ধরে জুনায়েদ বাবুনগরীকে বিএনপির একটি অংশ নিবিড় পরিচর্যায় রেখেছে। তাদের প্রত্যক্ষ এবং পরোক্ষ মদদে জুনায়েদ বাবুনগরী ধীরে ধীরে নেতা হয়ে উঠেছেন। জুনায়েদ বাবুনগরীর মূল পৃষ্ঠপোষক এবং তাকে নেতা হিসেবে গড়ে তোলার ক্ষেত্রে বিএনপি নেতারা যেমন ভূমিকা রাখছেন তেমনি লন্ডনে পলাতক বিএনপি`র ভারপ্রাপ্ত ভাইস-চেয়ারম্যান তারেক জিয়াও জুনায়েদ বাবুনগরীকে নেতা বানানোর জন্য নির্দেশনা দিচ্ছেন। তার সঙ্গে নিবিড় যোগাযোগ রাখার জন্য বিএনপি নেতাদেরকে কথা বলছেন। জুনায়েদ বাবুনগরী ছিলো বিএনপি`র কাছে তুরুপের তাস। তারা মনে করেছিল যে এই তাস ব্যবহার করেই আওয়ামী লীগকে কুপোকাত করা যাবে। কিন্তু বাস্তবে জুনায়েদ বাবুনগরী পুতুল হয়েই রইলেন। বাস্তবে কিছু করার মত শক্তি বা সমর্থ তার রইল না।