জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে হত্যার পেছনে পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশন করার এক ষড়যন্ত্র যুক্ত ছিল। সাম্প্রতিক সময়ে বিভিন্ন গবেষণা এবং তথ্য-উপাত্ত বিশ্লেষণ করে এমন ইঙ্গিত পাওয়া যায়। খুনী মোশতাক যখন ফারুকদের সঙ্গে গোপন বৈঠক করেছিলেন, সেই বৈঠকের ফলাফল তিনি পাকিস্তানের গোয়েন্দা সংস্থা আইএসআই-কে অবহিত করতেন। বাংলাদেশে পাকিস্তানের আইএসআই-এর অন্তত দুজন এজেন্টের সঙ্গে খুনী মোশতাকের নিয়মিত যোগাযোগ হতো। একাধিক গবেষণায় এমন ইঙ্গিত পাওয়া গেছে যে, জাতির পিতার হত্যাকাণ্ড পরিকল্পনায় পাকিস্তানের একটি বড় ভূমিকা ছিল এবং এই হত্যাকাণ্ডের মূল ব্লুপ্রিন্ট তৈরি করেছিল আইএসআই।

সাম্প্রতিক সময়ে ভারতের গোয়েন্দা সংস্থা ‘র’-এর সাবেক প্রধানের এক গ্রন্থেও বলা হয়েছে যে, এই উপমহাদেশে আইএসআই-এর সবথেকে বড় সাফল্য হলো ভারতকে অন্ধকারে রেখে বঙ্গবন্ধু হত্যাকাণ্ড সংগঠিত করা। খুনী মোশতাক যে পাকিস্তান প্রেমী, বাংলাদেশের স্বাধীনতা চান না এবং কনফেডারেশনে বিশ্বাসী এটা মুক্তিযুদ্ধের সময়ই প্রমাণিত হয়েছে। মুক্তিযুদ্ধের একাধিক দলিলপত্রে দেখা যায় যে, খন্দকার মোশতাক পররাষ্ট্রমন্ত্রী থাকাবস্থায় মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের প্রতিনিধিদের সঙ্গে বৈঠক করেছিলেন এবং পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশনের মাধ্যমে একটি আপোসনামা প্রায় চূড়ান্ত করে ফেলেছিলেন। এক্ষেত্রে তিনি বঙ্গবন্ধুকে মুক্ত করার অজুহাত দাঁড় করিয়েছিলেন। যদিও তাজউদ্দীন আহমেদের দৃঢ়তা, আওয়ামী লীগের অন্যান্য নেতাদের স্পষ্ট অবস্থান এবং ভারতের ভূমিকার কারণে খন্দকার মোশতাকের স্বপ্ন পূরণ হয়নি এবং মুক্তিযুদ্ধের সময়ে ইন্দিরা গান্ধী খন্দকার মোশতাকের ভূমিকা সম্পর্কে অবহিত হয়েছিলেন। পরবর্তীতে তাজউদ্দীন আহমেদ মুক্তিযুদ্ধের সময়েই তাঁকে পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয় থেকে তাঁকে সরিয়ে দিয়েছিলেন। খন্দকার মোশতাক এই নিয়ে ক্ষুব্ধ ছিলেন এবং এই কারণেই তিনি বঙ্গবন্ধু ফিরে এলে আওয়ামী লীগে তাজউদ্দীনের বিরুদ্ধে অবস্থান গ্রহণ করেছিলেন। মোশতাক শেষ পর্যন্ত তাজউদ্দীন আহমেদকে দলে কোণঠাসাও করে ফেলেছিলেন। একাধিক গবেষকরা অনুসন্ধানে দেখেছেন যে, খন্দকার মোশতাকের যে কনফেডারেশন তত্ত্ব, যা তিনি মুক্তিযুদ্ধের সময়ে উত্থাপন করেছিলেন সেই তত্ত্ব মাথায় রেখেই বঙ্গবন্ধু হত্যার পরিকল্পনা করা হয়েছিল। এই কারণেই খুনী মোশতাক যখন রাষ্ট্রপতি হিসেবে শপথ নেন, তখন জয় বাংলা না বলে বাংলাদেশ জিন্দাবাদ বলেছেন। খুনী মোশতাক পাকিস্তান আমলের সংস্কৃতি ফিরিয়ে আনার চেষ্টা করেছিলেন।

সংশ্লিষ্ট সূত্রগুলো বলছে যে, খুনী মোশতাক যদি নিজের অবস্থান সংহত করতে পারতেন এবং তাঁর মসনদকে পাকাপোক্ত করতে পারতেন তাহলে তিনি পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশনের বিষয়টি প্রকাশ্য আনতেন। কিন্তু এর আগেই সেনাবাহিনীতে অসন্তোষ এবং খালেদ মোশাররফদের অভ্যুত্থান চেষ্টা, ৭ নভেম্বরের ষড়যন্ত্র ইত্যাদি কারণে মোশতাক ক্ষমতাচ্যুত হন এবং ষড়যন্ত্রের সময়ে জিয়াউর রহমানও পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশন তত্ত্বে নীতিগত সম্মত ছিলেন বলে কিছু কিছু গবেষণায় দেখা গেলেও শেষ পর্যন্ত অতি চতুর এই সামরিক একনায়ক সেখান থেকে সরে আসেন। বরং নিরবে বাংলাদেশে পাকিস্তানের এজেন্ডা বাস্তবায়নের কর্মপন্থা গ্রহণ করেন। সেই কর্মপন্থার অংশ হিসেবেই স্বাধীনতাবিরোধী জামাত-শিবিরের রাজনৈতিক পথ উন্মুক্ত করে দেওয়া হয়, গোলাম আজমকে দেশে ফেরার অনুমতি দেওয়া হয় এবং স্বাধীনতাবিরোধী যুদ্ধাপরাধীদের জেল থেকে বের করে দেওয়া হয় ও তাঁদের বিচার বন্ধ করে দেওয়া হয়। কিন্তু জিয়াউর রহমান পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশনের কথা প্রকাশ্যে বলেননি। তবে খন্দকার মোশতাকের একাধিক সাক্ষাৎকারে এটা স্পষ্ট হয় যে, তিনি পাকিস্তানের সঙ্গে কনফেডারেশনের পক্ষেই ছিলেন।